本作是角色扮演系列单机游戏《幻想三国志》的第三部，背景设定在东汉光和年间，故事发生在二代的十数年前，即黄巾之乱前后。本作剧情走向延续前作独特世界观，发展全新主角群的故事。

特色
·全新的双主角路线
·新系统的创新及优化，如秘邑系统、boss放大系统、敌人后援系统、武器纸娃娃系统等
·全新3D战斗的场面
双主角
游戏采用双主角、多个分支、多结局的设定。玩家可以选择扮演男主角“夏皓”或女主角“张婕”，面对不同的剧情，发展不同路线进而引发不同的结局。游戏的最开始，玩家将面临第一次选择。第一次的分支，将带给玩家不同的视野，进而了解男、女主角不同的背景故事和独特性格。不同主角的团队组合，将使剧情走向发生变化与分歧。因为分隔两地而疏远感情、或因为共同行动而近水楼台，或是引发极特殊的故事剧情，这些可能性都将在游戏中充分得到发挥，将使剧情的变化性倍增。游戏的剧情，将随着好感度、路线抉择与特殊条件，发展出各种不同的结局。男主角夏皓、女主角张婕、各主要登场角色间，将产生高自由度的感情发展，并透过特殊条件的达成，引发隐藏而惊喜的结局。而剧情中登场演出的众多重要角色间，也将有各自的情感发展结局。这些结局，将随着男、女主角的感情发展，而对应发生变化，因此如何得到玩家心目中最皆大欢喜的结局，也将成为游戏的乐趣所在。
战斗组合
随着故事剧情的发展，玩家将遭遇队伍必须分头行动的选择。玩家选择以不同的主角带领队伍，将和不同的角色共同冒险、产生不同的团队战斗组合效果。而因选择的路线不同，玩家在神秘战斗事件中才可能获得的神兵珍品，也将各自不同。此外，即使在双主角变化的设计下，游戏中的支线任务与战斗事件，玩家将仍能充分体验而不受限制。而离队角色的等级，将随着选择主线的领队角色而提升，练功成果不浪费，而更多其他的系统，也将保持完整的百分百内容。
即时连击
本作在战斗上采取了3D的效果与视野，使得战场上的攻防进退，有了更立体的表现。击飞敌方的震撼效果、济细致的招式施展、大魄力的BOSS战、变换视角的镜头选择，都随着故事发展的推进，而表现出越增华丽的视觉效果。承袭了系列特色的连击战斗玩法，本作在连击战斗上，使玩家能更容易达成连击效果。而连续打击敌人造成的加乘威力，配合“秘邑强化”、“武学加乘”、“隐藏神兵”的连锁运用，伤害力输出可能冲破六位数，瞬间扭转战局、明快克敌制胜。
战斗事件
在本作游戏中，无论主线剧情、支线任务中发生的战斗，都隐藏着事件。通过情报收集，玩家若在战斗中依照提示完成特殊的攻略方式，会诱发意外惊喜的奖励。本作新增的战斗事件系统，隐藏了更多更丰富的游戏性，让玩家尽情发掘。而对不同喜好玩家也有着体贴设计，游戏中可随时可切换简易模式、略过部分的战斗事件，也可享受完整的剧情。战斗事件的特殊攻略法，无论是剧情相关或者是无厘头的规则，依序伤害、连续击杀、即时挑战，众多不同的挑战法，都考验着玩家的智慧。而结合各种资源与装备完成事件的同时，玩家也会体验其他游戏系统的丰富乐趣。
战斗事件的神秘感，除了可能取得独特装备外，发生的影响也不仅止于立即得到的宝物奖励。此处，玩家挑战战斗事件的过程，也暗藏着差异的影响。
除了提供玩家不同的趣味和奖励外，部分装备可继承到二周目，使第一次玩家不幸挑战失败的会有一雪前扯的机会。之前孤立无援、实力悬殊的战斗不再是不可能的任务。
秘邑系统
传说远古涿鹿之战黄帝大胜蚩尤，这场大战之中有一对神匠兄弟扮演相当重要的角色，他们分别是姜昊、禺昊，并称为“两昊”；他们是擅长制造各种兵器的神祗。而打造神兵利器的神秘工坊，正是他们的隐居地“秘邑”。“秘邑”汇聚了天地精华，里面存放三大法器；秘邑中起着“起始”功能的法器：存菁鼎。《幻想三国志2》中帝苑的起始点在七巧花，七巧花能将各种道具转化为灵气，而本作中的存菁鼎也是这种功能的载体。
在秘邑生成或强化任何装备和武器都离不开灵气值，而将万物转化成灵气值，则是存菁鼎最直接的能力。但不同于帝苑中的七巧花，只能将物品生成灵气，存菁鼎是上古神匠禺昊所造，物品在存菁过程中，还有可能蕴生出一些额外的变化，除了让玩家得到灵气值，还有可能随机得到神秘宝物。
秘邑界面窗口最上方显示秘邑等级与目前的灵气值，当选择了要存菁的物品后，出现小窗口选择存菁的数量，然后按下“完成”就可以了。价格越高的物品存菁后的灵气值也越高，随着存菁鼎的升级，获取的宝物将越来越好。
古玩仙人系统
古玩仙人，游戏中最具关键的重要角色，此仙人因缘际会的与主角群相遇，并为了答谢救命之恩会带主角进入工坊系统，他在此工坊里会变成一位类似管理者的角色， 带领玩家使用工坊系统，并且当玩家收集到某些宝物之后，可以向此仙人兑换特殊好宝让玩家装备于身上，不但可以改变主角身上的造型增加游戏乐趣，古玩仙人的 道具更隐藏了某些特殊的能力。